Das Bonner Übereinkommen zur Erhaltung wandernder wild lebender Tierarten (Convention on the Conservation of Migratory Species of Wild Animals, CMS, http://www.cms.int/en) trat 1983 in Kraft. Das Abkommen regelt den weltweiten Schutz und den Erhalt wandernder wild lebender Tierarten über die politischen Grenzen hinweg. Laut der Bonner Konvention gehören alle Glattnasen (Vespertilionidae) zu den schützenswerten wandernden wild lebenden Tierarten (Anhang II), infolgedessen auch die im Monitoring aufgeführten Arten.

Des Weiteren widmet sich das Abkommen zur Erhaltung der europäischen Fledermauspopulationen (Agreement on the Conservation of Populations of European Bats, EUROBATS, hier) dem Schutz aller europäischen Fledermausarten. Ziel sind Regelungen zur Entnahme von Tieren, die Benennung von bedeutsamen Schutzgebieten sowie die Förderung von Forschung, Monitoring und Öffentlichkeitsarbeit.

Migrierende Fledermausarten sind auf intakte Sommer- und Winterquartiere, überregionale Nahrungsgebiete und Tagesquartiere als Trittsteine während des Zuges angewiesen. Sie sind deshalb durch Lebensraumveränderungen besonders gefährdet.

Die Phänologie und der Fledermauszug der Fledermausarten sollen in einem Monitoring erfasst werden. Es gibt jährliche Schwankungen in der Intensität und in den Konzentrationsräumen während des Zuges. Es wird davon ausgegangen, dass über Deutschland in weiten Teilen ein Breitfrontzug stattfindet und es Verdichtungsräume gibt, die in einem Schmalfrontzug ausgeprägt sein können. Das Wissen hierzu ist unzureichend bzw. nicht bekannt.

Aussagen zum Zugverhalten und Nachweise vernetzter Fledermausvorkommen zwischen Sommerhabitaten und Überwinterungsgebieten sind für den Schutz migrierender Fledermausarten von überregionaler Bedeutung.

Windenergieanlagen können tödliche Hindernisse für ziehende Fledermäuse sein und so zu negativen Veränderungen in den europäischen Fledermauspopulationen beitragen. In der deutschlandweiten Vogel- und Fledermaus-Schlagopferdatei (Dürr-Statistik) der Vogelschutzwarte des Landes Brandenburg (hier) werden alle gemeldeten Schlagopfer erfasst und korrespondieren mit der Schlagopferdatei der Landesreferenzstelle für Fledermausschutz Sachsen-Anhalt (hier).

In der deutschlandweiten Datei (Dürr 08/2016) sind vom Großen Abendsegler in Deutschland (D) 1.002 und in Sachsen-Anhalt (LSA) 116 Individuen, vom Kleinabendsegler D 146 / LSA 42 , von der Rauhautfledermaus D 834 / LSA 174 und von der Zweifarbfledermaus D 119 / LSA 18 registriert.

Nach Brinkman et al. 2011 und Voigt et al. 2015 verunglücken in Deutschland vermutlich jährlich ca. 250.000 Fledermäuse. Dieses hat auf Dauer nicht nur Auswirkungen auf die lokalen Populationen in Deutschland.

Durch die globale Erwärmung werden Veränderungen im Migrationsverhalten der fernwandernden Fledermausarten erwartet. Beim Großen Abendsegler werden vermehrt Überwinterungen in ganz Deutschland festgestellt. Beim Kleinabendsegler und bei der Rauhautfledermaus ist möglich, dass zunehmend mehr Individuen nicht mehr so weit ziehen, welches jedoch umfangreicher Untersuchungen bedarf. Wie sich die Zweifarbfledermaus als residente und ziehende Fledermaus in Deutschland verhält ist unerforscht. Ein flächendeckendes Monitoring Fledermauszug soll hierzu neue Erkenntnisse liefern.